從國(guó)有企業(yè)到國(guó)有資本。上個(gè)世紀(jì)90年代初，中改院率先提出了“從國(guó)有企業(yè)向國(guó)有資本過渡”的改革建議。其中包括：加快實(shí)現(xiàn)從國(guó)有資產(chǎn)管理向國(guó)有資本管理的根本性轉(zhuǎn)變；從國(guó)有企業(yè)數(shù)量目標(biāo)的追求轉(zhuǎn)向國(guó)有資本總體效益的實(shí)現(xiàn)；建立國(guó)有控股公司，著力培育國(guó)家“種子隊(duì)”；優(yōu)化國(guó)有資產(chǎn)管理，實(shí)現(xiàn)國(guó)有資產(chǎn)的保值增值等。

建立以股份制為主體的企業(yè)結(jié)構(gòu)，是中改院在上個(gè)世紀(jì)90年代初就提出的建議。中改院在全國(guó)率先舉辦國(guó)有企業(yè)股份制改革培訓(xùn)班，培養(yǎng)了全國(guó)最早的一批股份制經(jīng)濟(jì)規(guī)范化運(yùn)作人才。一些學(xué)員后來成為各地股份制改革操作中的骨干力量，中改院由此也被喻為全國(guó)國(guó)有企業(yè)股份制改革的“黃埔軍?！?。90年代中后期，中改院推動(dòng)職工持股改革，提出“建設(shè)有中國(guó)特色的職工持股制度”系列建議報(bào)告，舉辦大批培訓(xùn)班，在實(shí)踐中產(chǎn)生了積極的影響。1998年，中改院提出建立完善國(guó)有企業(yè)治理結(jié)構(gòu)的建議。1999年，中共十五屆四中全會(huì)文件起草小組調(diào)用中改院剛形成的《中國(guó)國(guó)有企業(yè)公司治理結(jié)構(gòu)研究》報(bào)告，用作文件起草的重要參閱件。

進(jìn)入21世紀(jì)以來，中改院提出“以公益性為重點(diǎn)調(diào)整優(yōu)化國(guó)有資本配置”的建議。一是對(duì)國(guó)有資本布局進(jìn)行戰(zhàn)略性調(diào)整，把更多的國(guó)有資本投向涉及公共福祉的領(lǐng)域；二是加大國(guó)有資本的分紅比例，建議到2020年國(guó)有資本分紅比例提高到25%～35%。這一建議與十八屆三中全會(huì)《決定》提出的國(guó)有資本上繳公共財(cái)政比例不低于30%的改革目標(biāo)吻合。

以解決不良債務(wù)為重點(diǎn)加快金融體制改革。1991年，中改院承辦“中國(guó)金融體制改革國(guó)際研討會(huì)”，就中央銀行的獨(dú)立性、貨幣政策工具、政策性貸款和外匯體制改革等提出了一系列政策建議，被相關(guān)決策機(jī)構(gòu)采納。1992年，完成“走向可兌換貨幣”研究報(bào)告，提出人民幣先實(shí)行經(jīng)常項(xiàng)目可兌換，逐步過渡到完全可兌換的建議。1995年11月，形成“以解決不良債務(wù)為重點(diǎn)加快商業(yè)銀行體制改革的建議（30條）”，提出通過債務(wù)托管解決不良債務(wù)，推進(jìn)銀行商業(yè)化、股份化的建議。這項(xiàng)建議引起國(guó)家有關(guān)部委的高度重視，原國(guó)家計(jì)委、國(guó)家經(jīng)貿(mào)委領(lǐng)導(dǎo)對(duì)此組織專人討論研究。

建立新型社會(huì)保障制度。社會(huì)保障制度改革是建立社會(huì)主義市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)體制的重大任務(wù)。中改院建院之初就高度關(guān)注社會(huì)保障制度改革。早在1991年，中改院就對(duì)社會(huì)保障問題進(jìn)行了系統(tǒng)研究，提出了“以公積金為主、個(gè)人賬戶為輔”逐步過渡到“以個(gè)人賬戶為主”的中國(guó)社會(huì)保障模式。1992年，提交了“建立海南新型社會(huì)保障制度”的改革方案，成為海南省社會(huì)保障制度改革的重要藍(lán)本，也引起全國(guó)其他省份的高度關(guān)注。

宏觀調(diào)控體制改革。1993-1995年，在我國(guó)經(jīng)濟(jì)進(jìn)入高速增長(zhǎng)的快車道，固定資產(chǎn)投資規(guī)模擴(kuò)張過猛，通貨膨脹居高不下的情況下，中改院提交了“在經(jīng)濟(jì)快速增長(zhǎng)中有效地抑制通貨膨脹的五十條建議”，受到相關(guān)部委的高度重視，被國(guó)家有關(guān)部委在制定政策時(shí)大篇幅采納。

走向開放競(jìng)爭(zhēng)的基礎(chǔ)領(lǐng)域改革。1998-2003年，中改院連續(xù)舉辦了五次關(guān)于基礎(chǔ)領(lǐng)域改革的國(guó)際論壇，重點(diǎn)討論電信、電力、鐵路、民航等壟斷性公共部門的市場(chǎng)化改革，提交了5份基礎(chǔ)領(lǐng)域改革的政策建議報(bào)告，呼吁打破基礎(chǔ)領(lǐng)域壟斷、引入競(jìng)爭(zhēng)機(jī)制、推進(jìn)股份制改造、加快市場(chǎng)開放、引入民間資本。

2. 實(shí)現(xiàn)農(nóng)村土地使用權(quán)長(zhǎng)期化、物權(quán)化、資本化

土地制度改革一直是農(nóng)村改革的核心問題、焦點(diǎn)問題，也是敏感問題，中改院始終把“三農(nóng)”問題作為重點(diǎn)研究課題，率先提出重要改革行動(dòng)建議。